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上海交通大学医学院的前身是由圣约翰大学医学院（1896-1952）、震旦大学医学院（1911-1952）、同德医学院（1918-1952）于1952年高等院校调整时合并而成的上海第二医科大学。2005年，上海第二医科大学与上海交通大学合并，成为上海交通大学医学院。
上海交通大学医学院现有21个学院（系）、13所附属医院、1所卫生学校，具有生物学、基础医学、临床医学，口腔医学等8个一级学科博士学位授权点和4个一级学科博士后流动站，开设临床医学八年制（授予博士学位）、口腔医学七年制（授予硕士学位）和6个本科专业（临床医学、口腔医学、预防医学、医学检验技术、护理学、食品卫生与营养学），其中，临床医学、口腔医院、医学检验技术、护理学为国家特色专业。
根据教育部学位与研究生教育发展中心公布的2012年高校学科评估结果，上海交大医学院临床医学全国排名第一、口腔医学排名第二、基础医学排名第三、护理学排名第五。近五年来，上海交大医学院国家自然科学基金项目数累计达1544项，2012年获得489项，同比增长26%，连续三年稳居全国医学院第一。2011年度，发表SCIE论文1527篇，医学学科SCI收录论文数再次名列全国医学院第一。在2012年公布的《2011年度中国最佳医院排行傍》中，附属瑞金医院保持在排名全国第四的高位；在19所入围的上海市医院中，上海交大医学院有9所医院入围。目前上海交大医学院系统共有53个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的53%。
根据医学类考生报考的特点，上海交大医学院实行独立招生代码、单列招生计划、单独设定提档分数线、单独录取的方式。为充分发挥临床医学教学特点与综合实力，满足当前社会迫切需要，医学院在临床医学招生中设立了五个特色班：临床医学专业本博连读八年制（法语班）、临床医学专业八年制（本博连读）、口腔医学专业七年制（本硕连读）、临床医学专业（儿科学方向）五年制、临床医学专业（英语班方向）五年制。
临床医学专业本博连读八年制（法语班）是中法两国政府为加强中法交流的重点合作项目之一，也是上海交大医学院和法国医学院校之间历史久远的高水平合作的延续。学生在校以法语为第一外语，每年由法方派遣教授来校参与教学。学生完成规定的学业后，经考核合格者被选送赴法国的医院，作为实习住院医师培训一年，由法国医学院校授予“专业培训证书”（A.F.S或A.F.S.A）。
临床医学专业八年制（本博连读）在教育部公布的《学位学科评估高校排名》中排名第一。办学原则是“八年一贯，整体优化，加强基础，注重临床，培养能力，提高素质”，目标是培养具有医学博士学位的高层次、高素质的医学人才。对合格的临床医学八年制毕业生授予医学博士（M.D.）专业学位。
口腔医学专业七年制（本硕连读）在教育部公布的《学位学科评估高校排名》中排名第二，主要培养高级口腔医学人才。毕业后能够从事口腔医学的临床、预防、教学和科研工作。本学科点为博士学位授予点和博士后科研流动站，拥有上海市口腔医学研究所、上海市口腔医学重点实验室。口腔颌面外科为国家“211工程”重点学科。
临床医学专业五年制（儿科学方向）在教育部公布的《学位学科评估高校排名结果》排名第一。作为医学院的特色专业，旨在培养适应社会发展需要的品德高尚、基础扎实、技能熟练、具有一定科研发展潜能的应用型儿科专业人才。根据学院以前儿科专业的课程设置及近年来儿科学方向学生的培养计划，重新制定了上海交大医学院临床医学专业（儿科学方向）五年制教学计划和课程设置，并在教学中加强课程内涵建设，充分突出儿科教学特色。
临床医学专业五年制（英语班方向）在教育部公布的《学位学科评估高校排名结果》中排名第一。学习的核心专业课程主要以英语授课，多门课程有外籍教授来校参与教学。学生在学习期间，经分阶段考核优秀者将被选送赴国外知名的医学院校，接受一定时间的课程类学习或见、实习。该专业实行分段的分流和淘汰制，但不设具体淘汰率。
